-  Archivo Administrativo (300 cajas) correspondientes a la documentación generada por el propio Centro. 

          -  Archivos de interés comarcal: Son estos los que revisten especial interés y de hecho forman parte de la Biblioteca del Centro, estando a disposición de los investigadores. Entre ellos podemos resaltar por su importancia: 

1.- Archivo de imagen. Comprende en la actualidad más de 7.500 fotografías, 3.500 diapositivas y 150 videos. 

2.- Prensa comarcal. Integrada por 2.500 ejemplares correspondientes a 65 publicaciones periódicas editadas en nuestra comarca, desde finales del siglo XIX, entre ellos se encuentran la mayor parte de las colecciones originales de los periódicos borjanos: Aires del Moncayo, Ecos del  
Moncayo, La Voz de Borja y La Comarca. 
   Existen asimismo fotocopias de El Trabajo y Lauro. 

3.- Prensa regional. Es una colección integrada por 30.000 referencias a los distintos municipios de la comarca aparecidos desde 1968. Se encuentra en proceso de informatización y de ampliación a la primera mitad de siglo. 

4.- Programas de Fiestas. Cuenta con 56 series de programas de fiestas de todos los municipios comarcales con un total de casi 1.000 ejemplares. 

5.- Carteles e impresos menores. Es una colección de 3.500 carteles e impresos editados por las diferentes instituciones, entidades, organismos, asociaciones y empresas de nuestra comarca. 

6.- Documentos. El Centro dispone de un número aproximado de 5.700 documentos en microfilms, microfichas o fotocopias, junto con una colección de fichas pertenecientes a trabajos de investigación donadas al Centro. 

7.- Archivos de otras entidades. En los últimos año se ha gestionado la recuperación de algunos archivos de otras entidades desaparecidas que, en estos momentos, se encuentran en proceso de catalogación.