El Centro dispone de una biblioteca especializada a disposición de sus miembros y de todas aquellas personas interesadas en investigar sobre Borja y su comarca.
En la actualidad está integrada por más de 50.000 volúmenes, a los que hay que sumar la documentación conservada en sus archivos.
Los temas que aborda están referidos fundamentalmente a Arqueología, Historia, Arte, Etnología, etc. de Aragón. Dispone de una sección especializada en temas comarcales y de otra con las obras editadas por personas relacionadas con esta zona.
Enciclopedias, manuales y obras de referencia de carácter general constituyen un complemento para la labor investigadora.
En la biblioteca del Centro pueden encontrarse, asimismo, todas las publicaciones editadas por la Institución "Fernando el Católico" y sus centros filiales.
Dispone también de todas las series editadas por los distintos organismos y entidades aragonesas con los que se mantiene un régimen de intercambio, así como numerosas instituciones culturales de varios países.
Por adquisición, donación o intercambio se reciben cerca de 700 revistas de temas relacionados con la actividad propia del Centro.
Todos los fondos están informatizados y pueden ser localizados por cualquier concepto de su ficha bibliográfica. Por el momento, estos fondos no están disponibles en la red.