Fue creado el 26 de abril de 1968 y la constitución de su primer consejo tuvo lugar el 23 de febrero de 1969. 

    A lo largo de todos estos años ha llevado a cabo una intensa labor que nunca quedó limitada a la ciudad en la que tiene su sede, sino que se extendió a los 24 municipios de su área de influencia. 
  
    Desde su nacimiento quiso desarrollar pautas propias de actuación cultural, orientadas a promover la investigación en la comarca, facilitando la proyección de la Universidad en el ámbito rural. Muchos investigadores jóvenes se han beneficiado de una política encaminada a promover la investigación en distintas áreas del conocimiento. 
  
    Como soporte e instrumento de esta tarea, el Centro ha luchado por disponer de los siguientes elementos: 
        - Una sede propia que en 1998 ha sido instalada en la denominada Casa de Aguilar,  un palacio aragonés del siglo XVI restaurado para este fin. 
        - Una biblioteca de trabajo, especializada en temas aragoneses y comarcales que reune más de 25.000 títulos. 
        - Un archivo que no sólo comprende la documentación  
administrativa sino que intenta ser reflejo de la realidad de la comarca de Borja durante este periodo histórico. 
        - La edición de publicaciones propias que comprenden varias series monográficas y dos Revistas: cuaderno de Estudios Borjanos y Boletín Informativo del CESBOR. 
        - Un Museo con fines didácticos que cumpla una función educativa entre los habitantes de la comarca. El M.I.Ayuntamiento de Borja ha rehabilitado varios edificios con este objeto, en los que van a ser instaladas las distintas secciones del Museo, en colaboración con el Centro.